日向向日葵小时候，因为一场飞机意外差点失去生命，幸好得到一个神秘的黑衣忍者相助，最后终于逃过了这场灾难。虽然向日葵不知道这个黑衣忍者的真正身份，但他却成为了自己的奋斗目标，从此小葵就一直梦想自己能成为一个出色的忍者。当她15岁的时候，终于有机会转校到私立智能备学园，在这所专门培育精英女忍者的学校里。但是这学校的学生都是来自全国各地的优等生，就只有向日葵是最普通平凡的一个，其他人都是从小就被当作是女忍者来养育成人，而小葵从出生至今都只是过着平凡人的生活，作为忍者必须懂的基础忍术都是自己透过自学而懂的。这个平日最爱看忍者电影的少女，面上总挂着愉快笑容，虽然她有要成为优秀忍者的强烈决心，但是面对学校那么严格的训练她又能否挺得过去呢？